Le chevauchement climatique des masses d'air du Pacifique et de l'Arctique au-dessus de Kluane a donné naissance à une flore et à une faune parmi les plus variées du Nord du Canada. La majeure partie des vallées et des avant-monts sont couverts d'une forêt montagnarde d'épinettes blanches, de peupliers faux-trembles et de peupliers baumiers. La limite forestière se situe entre 1 050 et 1 200 m d'altitude, selon les conditions météorologiques. Des arbustes à croissance lente ou rabougris (saules, bouleaux glanduleux et aulnes) poussent dans la zone de transition et protègent les plantes plus petites. L'été transforme la toundra alpine (habituellement au-dessus de 1 400 m) en une féérie de couleurs : on y dénombre plus de 200 variétés de fleurs alpines.