Peu après le départ des glaciers il y a plus de 10 000 ans, la plupart des plans d'eau du parc ont été isolés des grandes rivières suite au soulèvement de la croûte terrestre créant ainsi des seuils infranchissables par le poisson. Ce phénomène explique pourquoi, à l'origine, l'omble de fontaine (communément appelée truite mouchetée) était la seule espèce présente dans la majorité des lacs et cours d'eau. L'invasion de la mer de Champlain à cette même époque, a aussi permis à l'omble chevalier, l'épinoche à neuf épines et le chabot à tête plate de coloniser les lacs de basses altitudes qui forment le réseau des lacs à la Pêche, Isaïe, Français et Bérubé.

Aujourd'hui, on retrouve 20 nouvelles espèces de poissons introduites volontairement ou involontairement par l'homme et réparties au hasard des événements historiques. De façon générale, les plans d'eau les plus accessibles sont ceux qui ont accueilli le plus grand nombre de nouvelles espèces (18 espèces au lac à la Pêche, 9 au lac Wapizagonke et 8 au lac Édouard). Les conséquences de ces introductions sur les espèces indigènes, et plus particulièrement sur l'omble de fontaine, ont été dramatiques. Sans la présence des clubs Laurentian et Shawinigan, la situation aurait probablement été pire.