Pukaskwa est connu comme une destination d'une beauté inégalée sur le plus grand lac d'eau douce au monde. Le parc comporte bon nombre de lacs et de zones humides intérieurs reliés par des ruisseaux se déversant dans de grandes rivières qui, à leur tour, se jettent dans le lac Supérieur. Les rivières White et Pukaskwa sont les plus grosses rivières du parc. Les lacs intérieurs soutiennent différentes espèces de poissons indigènes, y compris l'omble de fontaine, la perchaude, le grand brochet, le doré jaune et le meunier noir. Les chutes d’eau présentes le long de la côte ont naturellement empêché la propagation de nombreuses espèces de poissons non indigènes dans les eaux intérieures.