Pukaskwa représente la région naturelle des Bas-Plateaux boréaux du Centre au sein du Plan du réseau des parcs nationaux du Canada. Les Bas-Plateaux boréaux du Centre, l’une des trente-neuf régions terrestres du Plan du réseau des parcs nationaux du Canada s’étend du Nord de la Saskatchewan à l’ouest du Québec – une immense étendue de forêt boréale dans le bouclier canadien. Pukaskwa est le seul parc du système national qui représente cette région naturelle.

L'emplacement du parc à la limite sud de la forêt boréale donne lieu à la présence d’espèces d’arbres du Nord et du Sud : bouleau à papier, peuplier faux-tremble, peuplier baumier, l’épinette noire, l'épinette blanche, le pin gris et le pin blanc. La couverture forestière mixte est complétée par une flore rare ou unique, notamment les espèces végétales artiques-alpines qui s’accrochent aux substrats exposés, une espèce végétale menacée connue sous le nom de chardon de Pitcher qui occupe les dunes côtières et d’autres espèces rares comme le cypripède œuf­de-passereau, la Listère boréale et l’airelle à feuilles membraneuses, un arbuste que l’on ne trouve nulle part ailleurs en Ontario.