On trouve des poissons dans de nombreux lacs et cours d'eau du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton, ainsi que dans les eaux limitrophes de l'océan Atlantique et du golfe du Saint-Laurent.

Les poissons d'eau douce

Il existe dix espèces de poissons d'eau douce indigènes dans le parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton, soit moins du tiers des espèces que l'on trouve sur le Nouvelle-Écosse continentale. Le phénomène s'explique par les obstacles naturels que sont l'océan et les montagnes, de même que par les faibles niveaux d'eau en été. Les eaux riches en oxygène sont idéales pour la truite et le saumon.

La truite mouchetée est présente dans la plupart des lacs et cours d'eau du parc national. Le saumon atlantique fraye dans la plupart des grandes rivières et sa remontée printanière est anormalement hâtive dans la rivière Chéticamp. Les étangs saumâtres de la côte sont l'habitat de l'éperlan, du gaspareau, de l'épinoche et du fondule barré.

Depuis les années 1950 jusqu'au milieu des années 1970, on a ensemencé des lacs et cours d'eau avec des truites et des saumons. Le programme d'intervention a même donné lieu à l'empoisonnement de deux lacs pour détruire des espèces comme l'anguille d'Amérique, l'éperlan, le gaspareau et le bar-perche, jugées indésirables pour la pêche sportive. Désormais, il n'y a plus d'ensemencement et les interventions sont minimales, pour que les populations de poissons évoluent le plus naturellement possible.

La truite arc-en-ciel et la truite brune, deux espèces de poissons non indigènes, sont peu nombreuses. 

Les poissons de mer

Différentes espèces de poissons de mer se retrouvent au large et près des côtes du parc national, dont la morue atlantique, l'aiglefin, le flétan, le hareng et le maquereau. La morue atlantique, le saumon atlantique et l'aiglefin sont au nombre de plusieurs espèces visées par un interdit sur la pêche commerciale en raison de la faiblesse des populations.

Les eaux limitrophes du parc cachent aussi différents poissons cartilagineux, comme des requins et des raies. L'aiguillat commun et le requin bleu sont les représentants les plus courants de la famille des squales. Il n'est pas rare d'apercevoir un requin-pèlerin, tout à fait inoffensif et grand amateur de plancton. Cette espèce figure sur la liste rouge de l'UICN des espèces vulnérables.

Liste des poissons d'eau douce du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton
Famille (nom commun)
Espèce Nom scientifique Présence dans le parc
Salmonidés (saumons et espèces apparentées)
Saumon atlantique Salmo salar Fréquente ou peu fréquente
Truite mouchetée Salvelinus fontinalis Abondante
Truite brune Salmo trutta Peu fréquente — introduite en N.-É.
Truite arc-en-ciel Salmo gairdneri Rare — ensemencée
Osméridés (éperlans)
Éperlan arc-en-ciel Osmerus mordax Rare
Anguillidés (anguilles d'eau douce)
Anguille d'Amérique Anguilla rostrata Fréquente
Clupéidés (harengs)
Gaspareau (faux-hareng) Alosa pseudoharengus Fréquente par endroits
Cyprinodontidés (fondules)
Fondule barré Fundulus diaphanus Peu fréquente
Gastérostéidés (épinoches)
Épinoche à trois épines Gasterosteus aculeatus Rare
Épinoche à quatre épines Apeltes quadracus Rare
Épinoche à neuf épines Pungitius pungitius Rare
Percidés (bars des eaux tempérées)
Bar-perche Morone americana Rare