Les espèces non indigènes sont celles qui n'étaient pas présentes naturellement dans l'écosystème avant des temps relativement modernes. Elles y ont été introduites à la faveur d'installations ou d'activités humaines. Ces espèces peuvent s'approprier la nourriture ou le territoire d'espèces indigènes, s'attaquer à des populations fragiles ou transmettre de nouvelles maladies contre lesquelles les populations indigènes n'ont encore aucun pouvoir immunitaire.

Voici quelques exemples d'espèces introduites qui sont nocives aux espèces indigènes du Cap-Breton :

Plantes - La salicaire pourpre, fleur voyante qui étouffe les terres humides, a été introduite en Amérique du Nord comme plante de jardin et s'est depuis propagée à de nombreuses aires naturelles.

Mammifères - Le lynx roux fait sans doute concurrence au lynx du Canada, une espèce indigène, pour ses proies et son habitat. Il a migré jusqu'au Cap-Breton pendant la construction du pont-jetée sur le détroit de Canso, dans les années 1950.

Oiseaux - Il a été prouvé que l'étourneau sansonnet nuisait aux oiseaux indigènes de l'Amérique du Nord. L'espèce a été relâchée dans le Nouveau Monde par les Européens et s'est établie sur l'essentiel du territoire nord-américain, y compris au Cap-Breton.

Poissons - La truite arc-en-ciel et la truite de mer disputent nourriture et habitat à deux espèces indigènes, l'omble de fontaine et le saumon atlantique. Elles ont été introduites dans les lacs et les cours d'eau du Cap-Breton par l'ensemencement. Il se peut aussi qu'elles se soient échappées de stations piscicoles.

Invertébrés - Le bigorneau a eu un impact énorme sur les habitats rocheux de la façade maritime est. Il a transformé l'habitat naturel et a modifié les relations entre les organismes vivants des zones intertidales. Le bigorneau a été introduit en Nouvelle-Écosse, sans doute involontairement, par l'eau de ballast des navires.

Maladies - Le ver des méninges Parelaphostrongylus tenuis est tout à fait inoffensif pour le cerf de Virginie, mais il tue l'orignal et le caribou. Son hôte, le cerf de Virginie, l'a introduit dans l'écosystème lorsqu'il a élargi son territoire vers le nord, par suite du déboisement des forêts pour l'agriculture.

Le champignon responsable de la maladie corticale du hêtre parasite un insecte. Il défigure les hêtres et finit par les tuer. Cette maladie a été introduite accidentellement en Amérique du Nord par la Nouvelle-Écosse dans les années 1920 et s'est propagée depuis dans toutes les provinces Maritimes.