Le Cap-Breton est une mosaïque d'habitats. Lorsqu'un habitat est morcelé en de petits « îlots » séparés les uns des autres, nous sommes en présence d'un phénomène appelé « fragmentation de l'habitat ». Ce morcellement représente un obstacle à la survie des espèces qui dépendent d'un type d'habitat particulier, parce qu'elles y sont confinées et qu'elles ne peuvent pas survivre ailleurs. Isolées sur le plan génétique, ces espèces risquent de disparaître à jamais.

Dans l'écosystème du Nord du Cap-Breton, les habitats sont naturellement morcelés par le relief montagneux. Cependant, la fragmentation est accrue par l'activité humaine. Par exemple, les Européens se sont établis principalement dans la forêt acadienne, région abritée qui renfermait les meilleures terres agricoles. Les travaux de déboisement ont progressivement réduit la superficie totale de la forêt acadienne, à tel point qu'aujourd'hui cet habitat ne forme plus que de petits îlots éloignés les uns des autres.

De nos jours, l'activité humaine continue de fragmenter l'habitat du Nord du Cap-Breton. Le parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton a lui aussi contribué à ce phénomène : la plupart de ses installations - routes, bureaux, terrains de camping, plages et sentiers - se trouvent au coeur de la forêt acadienne. Sur les terres provinciales qui entourent le parc, la forêt boréale a été fragmentée par l'exploitation forestière et les installations hydroélectriques. En outre, les propriétaires fonciers privés contribuent à la perte et à la fragmentation d'habitat en déboisant la forêt pour y aménager des pelouses et des jardins.

Le phénomène de fragmentation transforme et isole les habitats, qui deviennent ainsi moins aptes à soutenir des populations indigènes de plantes et d'animaux. Par exemple, la martre d'Amérique a besoin de vastes peuplements intacts de résineux mûrs pour survivre. Cependant, ce type d'habitat est devenu rare dans l'écosystème du Nord du Cap-Breton, de sorte que la martre est en danger de disparition. De plus, la fragmentation ouvre la voie à l'invasion des habitats par les espèces végétales et animales non indigènes.