Les espèces indigènes sont celles qui se trouvent naturellement dans un écosystème. Elles y sont présentes depuis de nombreuses années et y sont arrivées par les processus naturels de la dispersion et de la colonisation.

Puisque chaque composante de l'écosystème évolue de façon à dépendre des autres éléments constituants, la perte d'une espèce indigène, quelle qu'elle soit, a pour effet d'affaiblir l'écosystème et de le rendre moins résistant au changement .

Le hêtre à grandes feuilles est une essence indigène du Cap-Breton. À l'heure actuelle, les hêtres de la partie nord de l'île sont victimes d'un champignon qui finira par tuer de nombreux spécimens. Le hêtre est une source de nourriture extrêmement importante pour de nombreuses espèces d'animaux qui s'alimentent de ses glands. Si la plupart de nos hêtres meurent de la maladie corticale du hêtre, il y aura moins de glands, ce qui se traduira par une baisse des populations fauniques qui dépendent de ce type de nourriture.