Primordiale pour la vitalité de la flore, de la faune et des humains, l'eau douce est probablement la ressource la plus importante du parc. Les lacs et cours d'eau du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton sont l'habitat d'un grand nombre de végétaux aquatiques, de poissons, d'amphibiens et d'insectes de différentes espèces.

Le cours d'eau principal, tous ses tributaires et tous les lacs et étangs qui alimentent ce cours d'eau et ses tributaires composent ensemble un bassin hydrographique. Le parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton comprend 16 grands bassins hydrographiques. La plupart des bassins ont leur source dans le vaste réseau de tourbières du plateau, puis jettent leurs eaux dans le golfe du Saint-Laurent ou dans l'océan Atlantique. En règle générale, les cours d'eau glissent doucement sur le plateau, déboulent en cascadant dans des gorges ou canyons encaissés, puis s'élargissent en eaux calmes dans les vallées ou en de petits estuaires sur le littoral. Beaucoup de ces cours d'eau coulent le long de failles vieilles de plusieurs millions d'années.

Dans les hautes-terres, surtout sur le versant est du plateau, on remarque de nombreux petits lacs acides dans les creux formés par le retrait des glaciers il y a plus de 10 000 ans. La frange côtière comprend un certain nombre d'étangs fermés par un cordon littoral et plus grouillants de vie que les lacs des hautes-terres.

Les niveaux de l'eau varient beaucoup selon les saisons. Au printemps et à l'occasion des fortes pluies, les cours d'eau deviennent torrents et cascades quand ils plongent du plateau vers la mer. En période de sécheresse, ils peuvent devenir de minces filets d'eau. Certains cours d'eau qui paraissent totalement taris, reprennent de la vigueur par temps très humide.