L'île du Cap-Breton jouxte trois régions marines de Parcs Canada : le Plateau néo-écossais dans l'océan Atlantique, le Plateau madelinien et le chenal Laurentien dans le golfe du Saint-Laurent. En réalité, l'île sépare les grandes nappes d'eau que sont le golfe du Saint-Laurent et l'océan Atlantique. Le long de la côte, la limite du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton correspond à la laisse moyenne de la marée haute.


L'océan Atlantique et le golfe du Saint-Laurent sont des composantes importantes de l'écosystème du nord du Cap-Breton. Des deux côtés de l'île, la remontée des eaux dans les fosses profondes du chenal Laurentien, apporte de l'oxygène et des éléments nutritifs en surface, pour le bénéfice d'une chaîne alimentaire complexe, qui comprend des algues, du plancton, des invertébrés (crabes, homards, calmars, etc.), des poissons (morues, aiglefins, harengs, espadons, thons, etc.) et des baleines.

Moins profondes et moins salées que les eaux de l'océan Atlantique, celles du golfe du Saint-Laurent sont légèrement plus chaudes en été, mais aussi plus susceptibles de geler en hiver. Au nord du cap Cod, aucune eau de mer n'est plus chaude que celle du golfe, ni plus productive et diversifiée en espèces marines.

Les espèces de la zone intertidale, comme les bigorneaux et balanes, sont peu nombreuses et peu variées sur les deux côtes du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton. On en attribue la cause au flux et au reflux des glaces en hiver, aux fortes vagues soulevées par les tempêtes tropicales, aux températures froides des eaux et à la faible amplitude des marées.