Certaines espèces de plantes et d'animaux du parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton sont en péril. Cinq espèces sont maintenant disparues des provinces maritimes ou en voie de disparition. Voir le tableau pour une liste des espèces présente ou qui était une fois présente dans le parc. Cette liste de faune et flore provient d’évaluations provenant du comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC).

Les espèces en péril dans le parc national des Hautes-Terres-du-Cap-Breton
Disparue En voie de disparition Menacée Préoccupante Évaluation en cours Sans évaluation Non en péril
Oiseaux
- - Grive de Bicknell Hibou des marais - - -
- - Martinet ramoneur Gros-bec errant - - -
- - Engloulevent d'Amérique Quiscale rouilleux - - -
- - Moucherolle à côtés olive Pioui de l'Est - - -
- - Hirondelle rustique - - - -
- - Hirondelle de rivage - - - -
- - Paruline du Canada - - - -
Bourdons
- - - Bourdon terricole - - -
Poissons
- Saumon Atlantique - Population de l'Est du Cap-Breton Anguille d'Amérique Bar rayé - - -
- - - Saumon Atlantique - de Gaspé - Population sGSL - - -
Lichens
- - Anzie mousse-noire - - - -
Mammifières
Caribou des bois - Population de l'Atlantique Gaspésie Petite chauve-souris brune - - - Martre d'Amérique Lynx du Canada
Loup de l'Est Chauve-souris nordique - - - - -
Plantes vasculaires
- - - - Frêne noir - -