L’eau douce des rivières, des ruisseaux et des lacs ne compte que pour une petite partie de la superficie du parc. Seul le bassin hydrologique des plus petits ruisseaux se situe entièrement à l’intérieur des limites du parc. La plupart des rivières, comme les rivières Kouchibouguac et Kouchibouguacis, s’écoulent à l’extérieur des limites du parc. Ainsi, la qualité de l’eau du parc dépend étroitement des décisions qui sont prises à l’extérieur du parc en ce qui a trait à l’utilisation des terres et de l’eau.