La caractéristique la plus fascinante du parc est probablement son système de dunes de sable, qui reposent sur des îles-barrières disséminées qui s’étendent sur 25 kilomètres. Le système de dunes protège les lagunes estuariennes et les marais salés et contribue à former un environnement côtier dynamique sur lequel influe grandement la présence du golfe du Saint-Laurent. Le système de dunes est extrêmement dynamique; il change en fonction de l’élévation du niveau de la mer, des tempêtes et du transport littoral du sable.

Formant une pente douce vers la côte, le parc national Kouchibouguac est généralement plat et compte des collines qui séparent les bassins fluviaux. Selon les marées, les eaux marines peuvent influer sur toute l’étendue des grandes rivières du parc, à savoir les rivières Kouchibouguac et Kouchibouguacis. Des marais salés bordent une grande partie des rives abritées de faible élévation du système de lagunes estuariennes et fournissent un habitat important pour bon nombre d’espèces aquatiques.