La plupart des systèmes météorologiques soufflent en provenance de la côte. L'air humide qui vient de l'océan s'élève pour traverser le col Chilkoot, se refroidit et perd sa capacité de retenir l'humidité, ce qui produit des précipitations. C'est pourquoi, du côté américain, le temps est généralement pluvieux et/ou couvert. Le tronçon de la piste se trouve au-dessus de la limite forestière, les conditions climatiques y sont souvent très mauvaises - la pluie battante, la neige fondante, la grêle ou la neige, le froid, les vents violents et le brouillard épais - puisque différents systèmes météorologiques traversent le secteur. À mesure que l'air frais descend depuis la toundra alpine jusqu'aux rives du lac Lindeman, il se réchauffe et sa capacité de retenir l'humidité s'accroît, créant une « ombre pluviométrique » (région sous le vent abritée de la pluie). Dans les secteurs se trouvant à basse altitude, à l'extrémité nord de la piste, le climat est généralement plus sec, offrant un agréable contraste par rapport aux conditions que l'on a connues sur le reste du parcours.