Un premier rapport datant de 1913 décrit les vestiges du fort. À cette époque, il ne subsiste qu'un amas de ruines perdu au milieu d'un champ, en l'occurrence un mur de pierres, des fondations en briques ainsi que des vestiges de la poudrière. Dans les années 1920, on déblaie autant que possible les ruines et on consolide les murs.

Les premières fouilles archéologiques au fort de Beauséjour sont entreprises pendant l'été de 1962. Quatre ans plus tard, sous la direction de Jervis D. Swannack, on procède de façon systématique à des fouilles qui s'étalent sur une période de trois ans. Ces fouilles permettent de dégager la poudrière et la casemate françaises, de même que les vestiges de la palissade en bois remontant à 1751. Les casernes des soldats des époques française et anglaise sont découvertes. Les structures les plus fragiles sont déterrées puis renforcées ou restaurées afin que les visiteurs aient un meilleur aperçu de la vie du fort d'autrefois.

Les ruines mises au jour témoignent de quatre occupations militaires du fort Beauséjour et du fort Cumberland. Lors des recherches archéologiques, des milliers d'artefacts ont été exhumés, dont certains sont exposés au musée du site. Par sa riche collection d'objets et d'artefacts, le musée illustre l'histoire locale et militaire de l'isthme de Chignectou, région charnière qui a joué un rôle important dans l'histoire du peuple canadien.