Durant la première moitié du XVIIe siècle, les îles Shippegan et Miscou servaient de lieux de séjour aux traiteurs, missionnaires et pêcheurs français. Souvent, cinq ou six bateaux mouillaient dans la baie de Miscou pour le séchage de la morue pêchée dans les environs; une fois traité, le poisson était vendu en Europe. Plusieurs sociétés, dont celle que dirigeait Nicolas Denys, faisaient le commerce des fourrures avec les Micmacs. Pendant de nombreuses années les Jésuites eurent dans ces îles une mission pour les pêcheurs, les traiteurs et les Indiens.