En 1637, le roi nomma Kirke gouverneur de Terre-Neuve, révoquant ainsi les droits de propriété de lord Baltimore sur la colonie d'Avalon. Les armoiries de Terre-Neuve sont celles qui furent accordées à Kirke comme gouverneur. En 1639, il s'installa dans la «Mansion House» de Baltimore et, malgré des interdictions touchant les établissements côtiers, it établit un gouvernement compétent dans une colonie prospère. Il se défendit avec succès contre les accusations des parlementaristes, mais il fut plus tard arrêté à la requête de Baltimore pour s'être emparé de Ferryland. Il mourut en prison en 1654.