La réserve d’aire marine nationale de conservation et le site du patrimoine haïda Gwaii Haanas ont été créés le 17 juin 2010, et protègent les eaux entourant Gwaii Haanas. À ce jour, Gwaii Haanas est le seul endroit sur terre à être protégé de la cime des montagnes aux profondeurs des océans.

La réserve d’aire marine nationale de conservation Gwaii Haanas s’étend depuis la réserve de parc marin national et le site du patrimoine haïda Gwaii Haanas jusqu’à 10 km au large; elle englobe environ 3 400 km² appartenant aux régions marines du détroit d’Hécate et de la plate-forme Reine-Charlotte.

La région marine de Gwaii Haanas est riche et diversifiée. Sous les eaux du détroit d’Hécate on retrouve les limites d’une ancienne plaine de genre savane avec des rivières sinueuses, des lacs, et des terrasses marines — un paysage noyé par la hausse du niveau des océans à la suite de la dernière glaciation. Au large de la côte ouest de Gwaii Haanas, la plate-forme Reine-Charlotte chute abruptement à plus de deux milles mètres de fond. C’est une zone de transition entre la plaine abyssale, la pente continentale, la plate-forme de faible profondeur et la masse terrestre des îles qui surgit abruptement de la mer. Ces « bordures écologiques » résultent en une richesse biologique incroyable.

Les eaux limpides et riches en substances nutritives soutiennent des forêts de laminaires fertiles et certaines des communautés intertidales les plus abondantes, les plus diversifiées et les plus colorées des eaux tempérées du monde.

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